「Rで医薬品承認申請」
を調べた

nissinbo_

2023/03/04

@nissinbo_

  • 製薬企業で医療データ分析
  • 人生初のread.csv()から4年
  • 好きな分野：薬剤疫学、医療情報学
  • 将来の夢　：古民家カフェをひらく

Disclaimer

  • 個人の見解です
  • マサカリお待ちしております

医薬品のおはなし

製薬企業が医薬品の承認を得るには

  • 各国の規制当局に申請を行い、認可される必要がある
    • 日本はPMDA、米国はFDA、欧州はEMEA
  • 申請資料の主役は、ヒト対象の臨床試験(≒治験)の結果

申請資料作成のこれまで

  • SAS言語一択！
    • 詳しい経緯はわかりません
    • 臨床試験で使われる解析はたいてい実行可能
    • 昔から使われているから (コロンブスの卵?)
    • SAS社が「正しい」と言ったらすべて信頼する?
    • バグで間違った結果が出たらSAS社から補償されるの?
  • CDISCや、Excel/Wordでの出力など、規格への適合が必要

誰もSAS必須とは言ってない

FDA does not require use of any specific software for statistical analyses, and statistical software is not explicitly discussed in Title 21 of the Code of Federal Regulations [e.g., in 21CFR part 11]. However, the software package(s) used for statistical analyses should be fully documented in the submission, including version and build identification.

じゃ、R使ってもいい!?

承認申請でRを使う動機

  • OSSである
    • 無料、パッケージの内部検証が可能
  • 様々な統計手法のパッケージが使える
  • いい感じのビジュアライゼーション
  • いい感じのレポーティング
    • 総括報告書(CSR)作成の自動化

承認申請でRを使う際の課題

「Rで申請」
をやってみた人たち

R Consortium pilot submission

  • Rで臨床試験データ・解析をFDAに申請する見本例
    • R Consortiumというコミュニティが主導
    • 実際にFDAの担当者が確認
    • データ, コード, 資料はGitHub等で公開
  • 概要

pilot第1弾で使われた技術

  • R自体のバージョン管理は多分Docker
    • rocker/tidyverse:4.1.2でいけた
  • パッケージ管理
    • MRAN: 特定日のsnapshotを再現したいから?
    • renv
    • pkglite: 自社開発パッケージを.txtからinstall
  • その他特徴的なパッケージ
    • haven, huxtable, pharmaRTF, r2rtf, Tplyr, visR, rtables

pilot第1弾の再現メモ

Docker起動

docker run -e PASSWORD=rstudio --rm -p 8787:8787 rocker/tidyverse:4.1.2
  • localhost:8787 にアクセス
    • ID: rstudio, PASSWORD: rstudio

pilot第1弾の再現メモ

GitHubからリポジトリをzipでダウンロード

zip_url <- "https://github.com/RConsortium/submissions-pilot1/archive/refs/heads/main.zip"
name <- "submissions-pilot1.zip"
download.file(zip_url, dest = name, mode = "wb")
unzip(name)
  • 解凍されたファイル内の pilot1wrapper.proj 開く

pilot第1弾の再現メモ

実行環境の復元

renv::restore()
devtools::load_all()  # inst/startup.R を実行
  • vignettes/adrg-prepare.Rmd の Dry run という章を実行し pilot1wrappers パッケージをインストール

pilot第1弾の再現メモ

結果の確認

  • adam ディレクトリには define.xml や 各種 xpt ファイルが格納されている
  • 解析結果は以下のファイルを実行
    • tlf-primary.Rmd
    • tlf-kmplot.Rmd
    • tlf-efficacy.Rmd
    • tlf-demographic.Rmd

pilot submission to PMDAもある

  • GitHub
    • 日本の規制当局PMDAへの申請を目指してる？
    • 2022年4月以降動きがなく、当分先の話に…？

少しでも貢献したいけど、どうすれば？教えてください！

まとめ

我々は何ができるのか？

  • 草の根運動
    • SASユーザを巻き込み、R便利かもと思ってもらう
    • 外資系製薬では使い始めてるらしい
  • コミュニティ, pilot submissionをウォッチ
    • Pharmaverse Slack に入る
    • FDA向けは順調そう
    • PMDA向けのプロジェクトにどうにか貢献する

承認申請でRを使うための議論が活発になってきた
日本でももっと盛り上げたい！

Enjoy😆

発表はここまで

参考文献・リンク集

全般

R Consortium Pilot Submission

コミュニティ・ワーキンググループ

実務

外資系製薬企業のR活用戦略

イベント・ウェビナー

Tokyo.R#104